Cerita Death Note berawal ketika Light Yagami (Raito Yagami) menemukan sebuah buku yang ternyata milik Shinigami (Dewa Kematian) bernama Ryukk (Ryuku). Di dalam Death Note milik Ryuku, terdapat cara menggunakan Death Note yang ditulis olehnya sendiri. Death Note ini kemudian digunakan untuk mewujudkan idealismenya yaitu untuk menciptakan dunia baru yang bersih dari kejahatan, dengan dirinya sebagai Dewa.
Kemudian Death Note ini dia gunakan untuk membunuh para kriminal. Mendapatkan data para kriminal dari televisi maupun mencuri data kepolisian pusat (ayahnya, Shouichiro Yagami adalah seorang polisi). Ternyata tindakannya ini mengundang berbagai reaksi, baik dari masyarakat, para petinggi Jepang, bahkan dari para petinggi internasional. Kebanyakan masyarakat setuju dengan tindakan pembersihan dunia itu, namun para petinggi tidak menyetujuinya karena tindakan tersebut bertentangan dengan Hak Asasi Manusia.
Tidak hanya itu hambatan yang ditemui Raito (yang dijuluki Kira, sebutan untuk Killer dalam dialek Jepang) untuk mewujudkan dunia yang bersih, dia juga harus berhadapan dengan L yang selanjutnya dikenal dengan nama Ryuzaki (nama aslinya sampai akhir cerita tidak diketahui). L adalah seorang detektif profesional muda bertaraf internasional yang hanya bergerak di belakang layar. Setelah bertemu L, jalan cerita "Death Note" menjadi semakin menarik (ditambah dengan munculnya Kira II dan Kira III dalam versi manganya).
Death Note The Last Name menceritakan tentang Kira II yaitu seorang artis yang baru naik daun bernama Misa Amane, diceritakan juga asal usul mengapa Misa memiliki buku Death Note yang kedua. Misa memiliki buku death Note yang kedua karena dewa kematian yang selalu menjaga Misa (bernama Jealous) mati untuk menyelamatkan Misa yang akan dibunuh oleh seorang penjahat. Jelaous memperpanjang umur Misa, namun dengan begitu maka Jealous akan hancur menjadi pasir. Jealous kemudian meminta sahabatnya yang juga dewa kematian bernama Rem, Rem kemudian menjaga Misa dan mengajarkan bagaimana cara menggunakan Death Note. Misa yang telah kehilangan seluruh keluarganya karena dibunuh oleh seorang pencuri. Misa yang melihat wajah pembunuh itu kemudian melaporkan pembunuh itu, namun karena kesaksian Misa tidak cukup kuat, maka pencuri itu kemudian dibebaskan. Misa yang sedang sedih dan berlarut-larut dalam kesedihannya kemudian melihat berita bahwa pencuri itu telah mati karena serangan jantung. Misa Amane kemudian sangat menyembah Kira.
Light Yagami kemudian dicurigai oleh Ryuzaki sebagai Kira. Saat sedang diinterogasi dalam Markas Besar Ryuzaki, ternyata Kira II beraksi dengan 'mata'-nya, Kira II membunuh semua yang menentang Kira. Kira II memberikan sebuah rekaman suara yang menginginkan agar semua orang menyetujui kira yang dikirimkan ke Sakura TV. Kemudian datanglah Ayah Light (Shouichiro Yagami) untuk menolong putrinya. Di Stasiun TV sakura, Shouichiro kemudian memaksa Produser Sakura TV untuk menghentikan acara itu, karena ditodong pistol, produser itupun kemudian terpaksa menghentikan acara tersebut. Saat Shouichiro, Light dan adik Light bertemu di Sakura TV, Kira II dengan 'mata'-nya bertemu dengan Light dan mengetahui bahwa Light adalah Kira I.
Khawatir akan Kira I dan Kira II bertemu, Ryuzaki memerintahkan untuk membuat rekaman suara yang isinya adalah untuk agar Kira II menyerahkan diri sebelum bertemu dengan Kira I. Tanpa disangka-sangka, ternyata Kira II, Misa Amane telah jatuh cinta kepada Light (Kira I). Misa kemudian mendatangi rumah Light dan menyerahkan Death Notenya. Misa meminta agar Light menjadi kekasihnya.
Ryuzaki menemui Light di kampusnya sambil menanyakan kedatangan Misa kerumahnya kemarin malam. Ryuzaki yang memakai topeng kemudian bertemu dengan Misa Amane. Misa kemudian membaca nama asli Ryuzaki. Misa kemudian dirubungi oleh para Fansnya di kampus Light dan menyatakan bahwa Light adalah kekasih Misa. Dikerumunan itu, Ryuzaki mengambil Handphone Misa. Ketika Misa dan ryuzaki pergi, Light menelepon Misa yang kemudian diangkat oleh Ryuzaki. Dilain sisi, Misa sudah diamankan oleh polisi anak buah Ryuzaki.
Misa dipaksa untuk mengatakan apakah dia adalah kira dan siapakah kira I, namun karena cintanya kepada Light Yagami, dia tetap diam. Misa kemudian meminta Rem menghapus memori tentang death note dari pada dia harus mengatakan Light adalah Kira I. Rem kemudian mendatangi Light dan mengancam akan membunuh Light jika sesuatu terjadi kepada Misa. Light kemudian menyembunyikan Death Note yang dimilikinya dan menyuruh Rem untuk mencari pemilik Death Note baru, Rem yang ingin Misa selamat kemudian menyetujui Light dan pergi mencari orang untuk menjadi Kira III.
Rem kemudian menyerahkan Death Note-nya kepada seorang gadis di Sakura TV bernama Yamada. Yamada kemudian membunuhi para penjahat dan menyiarkan di TV untuk Mensuport Kira. Misa yang telah kehilangan ingatannya kemudian mulai berbicara tentang Light, namun hanya mengatakan tentang masa pacaran dan bertemunya di Sakura TV. Lightpun kemudian menghilangkan ingatannya, Light dan Misa kemudian dibebaskan. Light yang kehilangan ingatannya tentang Death Note kemudian membantu Ryuzaki untuk mencari Kira III. Dengan bantuan Light, kemudian Kira III ditemukan dan dijebak dengan ancaman bahwa video pengintai kamarnya akan diberitahukan kepada seluruh dunia. Takut akan ancaman tersebut, Yamada kemudian nekat untuk menuliskan nama orang yang akan menyiarkan videonya didalam Death Note. Yamada yang mengetahui bahwa dia tak bisa membunuh orang itu kemudian datang ke Sakura TV. Disana semua agen polisi, Ryuzaki dan Light memegang buku itu dan dapat melihat Rem. Light yang menyentuh Death Note itu kemudian mengingat masa lalunya bersama Death Note. Light yang sudah ingat kemudian menuliskan nama Yamada dibalik jam tangannya dimana dia menaruh secarik kertas dari death note. Kematian Yamada kemudian menjadi misteri.
Light yang sudah mengingat kembali masa lalunya bersama Death Note kemudian menyuruh Misa yang telah dibebaskan untuk mengambil Death Note-nya yang dia sembunyikan dahulu. Misa yang menemukan Death Note itu kemudian mengingat lagi masa lalunya dan dapat melihat Ryukk (Dewa Kematian Death Note). Misa kemudian mulai membunuhi orang-orang lagi. Ryuzaki kemudian mengundang Misa ke Markas Besar, saat itu, dia juga menyuruh Soichiro Yagami untuk menyerahkan Death Note yang ada di markas besar ke FBI. Light kemudian menyuruh Rem untuk mengisi nama pengawal yang mengantar Misa didalam Death Note, dengan begitu Rem akan mati. Rem kemudian hancur berubah menjadi pasir. Ryuzaki yang merencanakan jika dia mati, maka pengawal yang mengantar Misa akan meledak untuk menghancurkan Death Note mengalami kegagalan. Pengawal itu mati dan Ryuzakipun mati. Misa kemudian bertemu dengan Light di Lobi. Disana, Light menuliskan nama ayahnya untuk menyerahkan Death Note, ayahnya kemudian kembali ke markas, ternyata Death Note yang ada di tangan Misa adalah palsu. Light menyangka bahwa Misa mengkhianatinya.
Ryuzaki kemudian turun dari tangga sambil memperlihatkan death note-nya. Disana dia sendiri telah menuliskan namanya. Light yang terdesak kemudian berusaha untuk mengambil potongan kertas Death Note yang diselipkan di jam tangannya, saat hendak mengeluarkannya, kemudian jam itupun ditembak oleh salah seorang personil Ryuzaki. Saat Light mencoba untuk mengambilnya, polisi itupun kemudian menembak kaki Light. Light yang tersudut kemudian meminta Ryukk untuk menuliskan nama semua orang yang ada ditempat itu untuk dibunuh.
Tanpa disangka ternyata Ryukk justru menuliskan nama Light Yagami, Light kemudian mati karena serangan jantung. Death Note kemudian dihancurkan. Ryuzaki yang menunggu kematiannya kemudian mati dengan tenang.
